Počátky inkvizice v Čechách spadají už do doby biskupa Jana z Dražic († 1343), nikoli až do doby pontifikátu Arnošta z Pardubic (1344 – 1364), potažmo doby Karlovy. Od r. 1335 do r. 1348 jako papežský inkvizitor (v součinnosti s biskupskou inkvizicí) v Čechách působil dominikán Havel z Jindřichova Hradce.
Podle F. Šmahela právě z doby působení tohoto inkvizitora dochází k pronásledování velkého množství lidí, kteří byli podezřelí z některého druhu hereze. Šmahel na základě torzovitých inkvizičních protokolů uvádí přibližné číslo 4000 obviněných, nichž kolem dvou stovek nešťastníků bylo upáleno. Tyto represe byly prováděny za účinné pomoci světského ramene, jak to u inkvizičních procesů bývalo běžným zvykem. Pokud by tato čísla alespoň řádově odpovídala skutečnosti, je velice obtížně představitelné, že se to vše odehrávalo bez vědomí Karla IV.
Šmahelovi se proto jeví, "
že právě tato silná vlna represí fyzicky zlikvidovala aktivní jádro kacířských sekt a rozprášené zbytky valdenských i bekhardů zatlačila do hluboké ilegality. (...)
Tím si lze rovněž vysvětlit, proč zejména valdenství zůstalo na dlouhá desetiletí svázáno s rodinným prostředím bývalých německých kolonistů." (
HR 2, str. 182)
Jiří Spěváček se tyto údaje snaží naopak poněkud zmírnit, když tvrdí, že "
díky značné rozvaze obou pražských arcibiskupů za vlády Karla IV. (Arnošt z Pardubic, kardinál Jan Očko z Vlašimi – pozn. JM)
nedošlo v Čechách k masovému pronásledování údajných kacířů, jako tomu bylo v jiných zemích." (Jiří Spěváček:
Karel IV. - život a dílo, vydalo Nakladatelství Svoboda, Praha 1979, str. 499)
Tak a teď si můžete vybrat dle vlastního uvážení. Buď jsou Šmahelovy údaje nadsazené nebo Spěváček studoval málo podrobně ony zmiňované inkviziční protokoly, pokud vůbec ...
, že během dvaceti let 1335-1355 dominikán Havel z Jindřichova Hradce vyslýchal přes 4400 podezřelých z nichž 220 shořelo na hranici.