Katolíci se svého postavení ve městě nechtěli jen tak lehce vzdát. Během Vánoc v r. 1419 bylo zahájeno zatýkání stále vlivnějších husitů, z nichž někteří byli vsazeni do věže u Michalské brány. 30. května 1420 došlo k ohavnému činu, který má na svědomí král Zikmund, jemuž toto zacházení nebylo cizí. Ten přikázal, aby 17 husitů z oněch zatčených bylo pro výstrahu (obdobně jako
ve Vratislavi) utopeno v Labi.
V době husitského obléhání Vyšehradu na podzim r. 1420 se král Zikmund po dílčí porážce uherského houfce u Žatce uchýlil do Litoměřic, odkud se snažil řídit zásobování obleženého Vyšehradu. Chtěl tento riskantní krok realizovat po řece, takže přikázal naložit lodě na vozy a převést je z Litoměřic do Berouna. K Vyšehradu se potřeboval dostat bezpečnější cestou po proudu Vltavy z jihu, nikoli proti proudu ze severu, proto ten transport lodí z Litoměřic. (Tento rozsáhlý přesun lodí se nedal utajit, proto musel Zikmund nakonec dovést proviant po zemi a na Pražský hrad.)
Po prohrané
bitvě u Vyšehradu strávil Zikmund vánoční svátky a počátek nového roku 1421 v Litoměřicích, odkud se vojensky vypravil do pole a zamířil do jihozápadních Čech, kde operoval Žižka se svým vojskem. Po obdržení zpráv o mobilizaci pražanů a vytrhnutí do pole s 320(!) vozy se Zikmund zbaběle navrátil do oblíbených Litoměřic. Zde na něho čekala královna vdova Žofie Bavorská a Zikmundova manželka Barbora Celská. Litoměřice si tak "užívaly" tří korunovaných hlav najednou.
Arcibiskupská konzistoř (katolická) přes Starou Boleslav a Roudnici n. Labem nakonec nalezla v únoru 1421 útočiště v Litoměřicích. Dlouho se zde však nepozdržela, protože znepokojivé zprávy o blížících se husitech ji donutily opustit hranice Čech, aby nakonec skončila až do r. 1437 v Žitavě.
Po ofenzívě do východních Čech Žižka po různých vojenských peripetiích zamířil ze severovýchodu přes Mladou Boleslav a Hoštku k Litoměřicím. Někdy ve 3. dekádě května 1421 se po obdržené zprávě, že se Litoměřice poddaly pražanům, tak rozběsnil, že se "vrhl střemhlav" proti litoměřickým hradbách, od nichž byl však odražen (viz otvírací příspěvek o litoměřickém fortifikačním systému). Pražané mu přivezli do polního ležení u Litoměřic zvací list na Čáslavský sněm, aby ho jaksi "zpacifikovali" a odradili od dalšího obléhání města.
29. května již Litoměřice holdovaly pražanům, kteří zde ustanovili hejtmanem
Hynka Kolštejnského, čímž se staly součástí pražského svazu. Žižka mezitím stihl provést stavební úpravy na hradu Kalich, který pro sebe zabral.